《越狱》在第一季结束的时候，主角们已经逃出了监狱，最后一幕温特沃斯·米勒饰演的迈克尔·斯科菲尔德与几名狱友历漫长的令人喘不过气脱狱，逃出例如狐狸河监狱的封锁。但是故事并没有完结……

在第二季中，七个逃出生天的一级重犯成为全国警力追捕的对象并展开新一轮的亡命旅途，在逃亡过程中他们面临着种种情况，于是故事接着发展。而且因为林肯被陷害与一宗政府阴谋有关，所以从第二季一开始，迈克尔·斯科菲尔德兄弟俩着重进行调查，希望能揭开阴谋背后的黑暗真相。而成功逃离监狱的5名狱友分别在美国中部逃窜，其中会有重新被捕的，也会有死于逃窜途中的。